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京都的夜晚,山中教授在阅读论文时,眼中则闪烁着不同的光芒。
他更关注这项发现对“理解并编程细胞”这一终极目标的启示。
他对fr-1作为分子决策器的“双面人格”机制赞叹不已。
“这简直是大自然设计的天然逻辑门!”他在审稿意见中写道:“这项工作为合成生物学提供了全新的、源自生命内在智慧的‘元件库’。”
但他也提出:“作者是否考虑过,这种变构调控是否具有可设计性?例如,能否通过蛋白质工程改造fr-1的变构界面,使其响应人工设计的小分子或光信号,从而实现对细胞内运输的人为精确操控?”他将审稿提升到了“应用与设计”的更高维度。
作为ip领域的先驱,他敏锐地联想到细胞重编程过程中的信号整合与命运决定。
“在细胞命运转变(如体细胞重编程)过程中,这个‘调度网络’的动态是否发生了重塑?其状态的改变是否是决定重编程效率的关键之一?”他建议作者可以在讨论部分,就该项发现与细胞身份调控的潜在联系进行更深入的展望,这将极大拓宽论文的学术影响力。
山中的审稿意见充满了建设性,他不仅仅只是评审者,同时也像是一位思想上的共鸣者与引路人,指引着这项基础发现走向更广阔的应用天地。
而在斯坦福大学,法森特博士的审阅则完全沉浸在数据和代码的海洋里。
他要求《细胞》编辑部提供了论文中所有关键计算的补充方法细节、部分代表性模拟的输入参数文件、甚至部分自定义分析脚本的代码。
他仔细检查了模拟体系的构建是否合理,类如力场选择、水模型、离子浓度、膜脂组成等等。
模拟时间是否足以达到平衡并采集到统计显着的数据。
“微秒级模拟对于捕获这种构象变化是挑战性的。”他如是评价道:“作者需要提供更充分的收敛性分析数据如r)没参加高考怎么了?我保送的。
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